Я понимаю по-другому.
Вы купили за 3 млн, если не использовали вычет, в расходы учитывается 2 млн.
Продали за 5, если в собственности более 3 лет, то 5 млн у налогооблагаемую базу не попадает.
Если менне 3 лет, то пападает вся сумма.
Далее ваш налогооблагаемый доход: 5-2=3 млн, с него платитим 13%.
Потому что
И повторно использовать вычет не допускается.
То, что вы пишете как 5-3 - это понятие ПРИБЫЛЬ, либо ВЫГОДА, которая в отношении физического лица в части сделок с недвижимостью не применяется.
Есть особенности применения этого понятия в сделках с ценными бумагами, разницей по банковским процентам и пр., в части сделок с недвижимостью

Если найдете в законах обоснование, пожалуйста дайте ссылку, с удовольствием ознакомлюсь.
Добавлено спустя 9 минут 47 секунд:
Агенты вообще любят поприседать на уши, с него ведь как с гуся вода после сделки.
Недавно наблюдала картину в одной из фирм, заполняющих декларации.
Бабуля пришла заполнить, т.к. "меняла" квартиру свою, которая меньше трех лет как была оформлена на нее.
Меняла как... продала одну, купила другую, намного меньше. Видимо не без помощи "бескорыстных доброжелателей"
И попала под эти пресловутые 13%. Она и плакала, и недоумевала, как так получилось, сазали же, что все ок...
И ничего не поделаешь теперь.
У меня была мысля когда-то: купить квартиру подешевле, через полгодика продать подороже (цены хорошо росли) и даже одну сделку провела...
А потом не стала, потому что влетаешь на тот самый ПН 13%, а чтобы не влетать, нужно оформлять юрлицо, становиться на УСН и не превысить годовой лимит выручки.
Если бы все так просто было.
С арендой та же байда: платите 13% от ДОХОДА, и плевать НК на ваши расходы на ремонт, коммуналку и пр. Хотите учитывать расходы - становитесь ЮЛ, ведите бухучет и учитывайте.
Поэтому так много сделок до миллиона, поэтому никто не показывает в налоговой аренду.