По поводу магистратуры ничего пояснить не могу, поскольку не имею к ней отношения. Нужно звонить руководителю магистратуры по образовательной программе, которая Вас интересует. С точки зрения закона, Ваш администратор прав. Вот из ст. 6 из ДЕЙСТВУЮЩЕГО закона "О высшем и послевузовском профессиональном образовании"
5. Лица, получившие документы государственного образца о соответствующем уровне высшего профессионального образования, подтверждаемого присвоением лицу квалификации (степени) "бакалавр", имеют право продолжить на конкурсной основе обучение по образовательной программе высшего профессионального образования - программе магистратуры.
Получение образования по следующим образовательным программам высшего профессионального образования
рассматривается как получение второго высшего профессионального образования:
по программам бакалавриата или программам подготовки специалиста - лицами, имеющими диплом бакалавра, диплом специалиста, диплом магистра;
по программам магистратуры - лицами, имеющими диплом специалиста, диплом магистра, если иное не предусмотрено федер. законодательством.
Это подразумевает платное обучение
Однако по ссылке в Гаранте выплывает следующее:
5. Квалификация "дипломированный специалист", присвоенная имеющим государственную аккредитацию образовательным учреждением высшего профессионального образования
до прекращения в Российской Федерации обучения по программам подготовки дипломированного специалиста, приравнивается к квалификации (степени) "специалист". Лица, получившие документы государственного образца о высшем профессиональном образовании, подтверждаемом присвоением им квалификации "дипломированный специалист", имеют право продолжить на конкурсной основе обучение по программе магистратуры
соответствующего уровня высшего профессионального образования, которое не рассматривается как получение ими второго высшего профессионального образования.
Резюме: 1) час Х наступил уже в этом году, поскольку специалистов уже не набирают. 2) Если Вы соберетесь в другую магситратуру (не Вашей ООП) - это, по-любому, второе высшее.
Правила игры изменятся. Тем более, что не за горами новый закон об образовании.
С точки зрения будущего трудоустройства, конечно, специалитет лучше. Пока мозги наших работодателей перестроятся, должно пройти несколько лет или десятилетие. Наши дети, поступавшие как С., обычно писали заявление на Б. и получали и Б., и С. Но в Вашем случае, поскольку Вы заточены на бесплатную магистратуру, надо получать только диплом Б.
По позиции ректора по бакалавриату - это предварительная информация, мысли по поводу, все может измениться (Путин, типа, чего-то скажет...)

Просто речь о том, что ДВФУ должен орентироваться больше на магистрантские программы, а бакалавриат поддерживать в определенных объемах. Все станет ясно, когда официально обозначатся правила игры на этот "абитуриентский" год (а это приказы ректора).