Лия., не регистрируйте дом. Официально продавайте землю. Я сейчас так домик в Надеге покупаю. Официально его нет и я типа плачу за землю. Раз дома официально не существует, то и прописаться там нельзя и сшельмовать продавец не сможет.

А как потом вы сами будете этот дом оформлять? Скажете, что сами построили? У продавца наверняка есть документы, подтверждающие расходы на строительство дома. Он потом не заявит, что продал только землю, а дом собирался вывезти или разобрать, например? А налоговый вычет за покупку дома вам не нужен? Интересуюсь этим вопросом, т.к. хочу понять, пойдут ли на такую схему покупатели?

Налоговый вычет можно получить за стоимость земли, вашим покупателям и не нужны документы по постройке дома, только вычет дадут после регистрации дома. Новые владельцы зарегистрируют дом, подадут на налоговый вычет за землю, в стоимость земли ведь вы все равно включите стоимость недостроя.
В договоре купли-продажи земли укажите, что она продается со всеми строениями, находящимися на ней.
Никакой проблемы в вашей ситуации нет.

Лия., никакой, раз земля в собственности более 3-х лет.

Лия., так и нужно указать, общая сумма .... в том числе дом ...., земля .... Только зачем вам платить налог, укажите, что земля 3 млн. + 1 млн. дом, покупатели получат вычет все равно с 2 млн., т.к. стоимость земли входит в налоговый вычет.