Ганг часто называется одной из самых грязных рек в мире[12]. Его воды угрожают здоровью около 500 млн человек, проживающих в бассейне реки и её дельте и прямо или косвенно зависящих от неё[13][14]. Уже начиная с верховьев, Ганг становится очень грязным из-за стоков, которые сбрасывают в реку население и многочисленные промышленные предприятия. Причиной загрязнения русла становится и перенаселение городов вдоль реки. Примерами перенаселения являются города Ганготри и Уттаркаши. Так, Ганготри выросло почти с нуля за последние три десятилетия — до 1970-х годов в селении было всего несколько крестьянских хижин. Население же Уттаркаши за последние десятилетия также увеличилось в несколько раз[15]. Протекая по густонаселённым районам во время наводнений Ганг собирает большое количество человеческих нечистот и остатков человеческой деятельности, содержащих такие патогены как Schistosoma mansoni и фекальные энтеробактерии, из-за чего употребление речной воды для питья и даже купание в ней провоцирует инфекционные заболевания. Хотя многие исследователи из правительственных организаций высказывали предложения по улучшению состояния воды в реке, сделано для этого было немного. Так, участок реки возле гхатов в священном городе Варанаси был описан как «коричневый суп из экскрементов и промышленных стоков»[16]. Вода реки содержит здесь около 600 способных к размножению бактерий фекальных энтеробактерий на 1 мл, что в 120 раз выше официально допустимой нормы[16]. В результате чего из около 700 млн человек, которые купаются в реке каждый год, по оценкам The Economist, около 3,6 млн, в основном детей, гибнут[17]. По оценкам ВОЗ, число жертв несколько меньше, но также велико: из 1,5 млн индийских детей, которые ежегодно умирают от заболеваний, передающихся через воду, 30-40 % на счету Ганга[18].

Берег Ганга утром в Варанаси.

Индийское правительство уже давно пытается справиться с проблемой загрязнения реки. План действий по Гангу (Ganga Action Plan), осуществление которого с большой помпой началось в 1985 году, предусматривал создание к 2000 году водоочистных сооружений, способных переработать 2,7 млрд л/день, необходимых в то время. На момент завершения программы были созданы мощности, способные перерабатывать только около 1,0 млрд л/день, несмотря на существенный рост выбросов. С учётом роста населения план очистки реки провалился полностью[19]. Более того, созданные мощности оказались зависимыми от нестабильной поставки электроэнергии[20]. Сейчас над задачами по очистке реки работает ряд некоммерческих индийских и международных организаций, однако результаты этой работы незначительны на фоне чрезвычайно сложных проблем[14][18][21].

Река, однако, имеет давнюю репутацию способности к самоочищению, что, отчасти, подтверждается официальной наукой. В связи с чем постоянно высокое количество бактерий содержит и бактериофаги, уничтожающие значительную часть опасных бактерий и не дающие им размножаться больше определённого уровня. Воды реки Ганг также способны удерживать кислород, детали этого процесса малоизучены. По сообщениям National Public Radio, дизентерия и холера в реке сейчас исчезли и риск широкомасштабных эпидемий в последнее время снизился[22].