Данная версия выдвигалась первоначально, однако она была почти сразу опровергнута: лобная доля головы существа была слишком большой, что свидетельствовало о слишком высоком для животного уровне развития головного мозга.

В 1957г. Кыштым подвергся серьёзному радиоактивному заражению в результате аварии на химкомбинате «Маяк». Вероятность появления мутаций и биологических уродств в этой местности заметно выше средней. Крайне необычная внешность существа могла быть причиной сильных мутаций в результате комплексного воздействия неблагоприятных экологических факторов (радиация и химия). Местность, в которой был найден карлик, характеризуется, с одной стороны, развитой химической промышленностью, а с другой — низкой культурой экологической безопасности. Постоянное отравление местности химией, в том числе солями тяжёлых металлов — ещё один неблагоприятный фактор, способствующий увеличению числа мутаций. Помимо катастрофы на комбинате «Маяк» зафиксированы множественные и регулярные случаи падёжа домашнего скота в окрестностях Кыштыма после вредных выбросов, вылова рыбы без глаз или плавников и т. д. В окрестности зафиксированы множественные случаи рождения младенцев с тяжёлыми уродствами, несопоставимыми с жизнью, а также детей-инвалидов с серьёзными врождёнными патологиями. В свою очередь, у найденного артефакта отсутствовала пуповина и хрящевые костные ткани, но при этом имелись в наличии зубы. Данные особенности анатомического строения нехарактерны даже для сильно мутировавшего человеческого плода.

Данная версия считается более правдоподобной гипотезой, чем предыдущая. Согласно ей, биологический артефакт представлял собой уникальный и редчайший случай сильно мутировавшего близнеца-паразита женского пола, который находился в матке девочки-хозяина вплоть до её полового созревания, когда он и был рождён. Это объясняет и отсутствие хрящевых костных тканей, свойственных новорождённым, и сформированность черепной коробки «Алёшеньки» (отсутствие родничков), а также наличие зубов и отсутствие пуповины. В таком случае возраст артефакта можно оценить в 11-14 лет. Необычная форма черепа в форме «тюльпана» с высокой вероятностью есть следствие уродства. Нельзя отрицать и вероятность того, что череп карлика мог быть злоумышленно деформирован для придания ему необычной формы, а самому артефакту — сенсационности. На видеозаписи череп карлика сформирован из четырёх явно выделяющихся и неправильно сросшихся костей, что и явилось причиной необычной формы черепа. Явно выделяющиеся кости хорошо согласуются с версией о недоразвитом человеческом существе, достаточно вспомнить, что этот признак характерен и для обычного человеческого эмбриона. «Отсутствие» первичных половых признаков на теле артефакта может объясняться как уродством (такие случаи известны и досконально описаны наукой), так и тем, что проводившие осмотр медики могли не различить женских половых органов у организма, который не сформировался, да и к тому же сильно пострадал от варварской мумификации летом в жаркую солнечную погоду. Случаи уродства, при которых отсутствует ректальное отверстие, зафиксированы в медицинской литературе и не представляют из себя «необъяснимого феномена». При этом известны случаи диффузного питания близнецов-паразитов в организме хозяина через слизистые оболочки. Этот научный факт очень хорошо согласуется с показаниями очевидцев, которые утверждали о наличии «студенистых» кожных покровов у артефакта в период его жизни и о выступающей на них слизи после кормления. Показания ряда очевидцев, свидетельствующих о необычайной волосатости «Алёшеньки», также хорошо согласуются с гипотезой о недоразвитом и сильно мутировавшем человеческом организме. Обильный волосяной покров, например, характерен для абсолютно нормальных и здоровых человеческих эмбрионов в возрасте 4 мес., когда происходит активное формирование волосяного покрова. Проверить или доказать наличие у артефакта вертикальных зрачков («кошачьих глаз») по сохранившимся материалам видеозаписи существа в принципе невозможно, так как к этому моменту труп серьёзно пострадал при неквалифицированной попытке его мумификации. Запечатлённый на видеозаписи темно-коричневый «вяленый» цвет трупа существа не представляет из себя ничего удивительного, учитывая способ его мумификации, равно как и исходивший от него «тошнотворный запах».

Также следует отметить, что в силу уникальности феномена рождения близнецов-паразитов по достижении полового созревания у девочек, данное явление плохо изучено и требует дальнейших исследований, что, впрочем, не позволяет сомневаться в его объективном существовании. В медицинской литературе был описано всего лишь 76 подобных случаев, однако нет никаких оснований не считать, что в реальности число недокументированных случаев гораздо больше, и «Алёшенька» — один из них. Наконец, следует иметь ввиду, что данная гипотеза — единственная, которая хорошо или, по крайне мере, удовлетворительно объясняет отличия карлика от обычного человека по всем основным пунктам, при этом в каждом случае надёжно ссылаясь на науку (описанные в медицинской литературе случаи).

Наименее вероятна гипотеза о внеземном происхождении артефакта, поскольку не было предоставлено совершенно ни одного внятного доказательства, позволяющего судить о его занесении («пришествии») на Землю из космического пространства. Во всех версиях легенды о живом карлике он предстает в образе полуживого, вызывающего жалость голенького существа. При том, что легендам про инопланетян свойственно обрастать фантазиями на тему космических перелётов (НЛО, "тарелки" и т.п.), гуманоидов в необычных скафандрах и т.п., в данном случае на "техническое обоснование" пришествия "Алешёньки" из космоса нет и тени намёка. В придачу к существу не было предоставлено ни единого дополнительного артефакта искусственного (антропогенного) характера, которое могло бы свидетельствовать о его связи с "неведомыми" высокими технологиями внеземного происхождения. При научном подходе к изучению феномена, основывающемуся на фактах, рациональной логике и доказательствах, версия о внеземном происхождении «Алёшеньки», по существу, неправдоподобна и не выдерживает никакой критики.

Недостаточная квалификация медицинского персонала, проводившего исследование плохо сохранившегося артефакта, в тонких и узкоспециальных вопросах эмбрионологии и генетики могла привести к необоснованным умозаключениям, в соответствии с которым ряд лиц выдвинул утверждения, что найденное существо не являлось человеком (не принадлежало к биологическому виду Homo Sapiens). Это обстоятельство явилось плодородной почвой для обрастания случая выдумками и его превращения в фантастическую легенду о гуманоиде.